I 1609 udstykkede englænderne 4 millioner acres jord, som blev fordelt i 1610. Grevskaberne Down, Monaghan og Antrim blev udstykket privat. Grevskaberne Derry og Armagh tilfaldt englænderne, mens skotterne fik Tyrone og Donegal. I grevskaberne Fermanagh og Cavan kom der både skotter og englændere. Mange af nybyggerne i Derry kom fra London, hvorfor byen Derry blev omdøbt til Londonderry.

Skotterne udgjorde flertallet af nybyggerne. De var hverken katolikker eller tilhængere af den engelske statskirke, men presbyterianere. Derved fik det nordvestlige Irland en helt anden kultur og et andet livsmønster end resten af øen.

Den oprindelige befolkning så væsentlige dele af Ulster taget i besiddelse af af fremmede, som medbragte et fremmed sprog, en fremmed religion og fremmede skikke. Irerne var udelukket fra de nye byer, som blev centre for en dynamisk udvikling. Et varigt modsætningsforhold var under opbygning.

Med de etablerede modsætninger var vejen til et sammenstød programmeret. De nye byer, som blev kilder til udvikling og velstand, var forbeholdt de britiske tilflyttere. Den oprindelige befolkning havde til gengæld ringere muligheder end før indvandringen. I takt med forskellen i velstand voksede spændingen.

Karl I udnævnte i 1632 Thomas Viscount Wentworth som statholder i Irland. Wentworth beskrives som beslutsom og målbevidst. Han fik øgenavnet "Black Tom Tyrant". Det blev hans utaknemmelige opgave finde en balance mellem vidt forskellige interesser, nemlig det engelske parlament og de protestantiske tilflyttere på den ene side og de indfødte irere og de gamle tilflyttere ("Old English"). Selv om Wentworth varetog kronens interesser, ville det være en overdrivelse at hævde, at han søgte at undertrykke de indfødte irere. I 1639 kaldte Karl ham tilbage til England på grund af uro i Skotland. Wentworth havde skaffet sig fjender inden for den engelske regering og blev som et af de første ofre for den begyndende borgerkrig i England henrettet den 12. maj 1641.

Skotterne havde i 1639 og 1640 med held forsvaret nationale og religiøse interesser i forhold til den engelske trone. Det blev til inspiration i Irland, både for indfødte irere og 'Old English'. Planerne for et oprør modnedes i sommeren 1641. Dog blev planen om at erobre Dublin forrådt, og slottet i Dublin blev befæstet.

På den Hellige Ignatius' dag i 1641 brød oprøret løs i Ulster. Had er en modbydelig drivkraft, og de irske oprørere for frem med uhørt grusomhed. Tusinder af tilflyttere blev massakreret, og irerne erobrede de vigtigste byer og forter. Dog kunne loyalisterne holde Londonderry, Enniskillen og Carrickfergus.

Oprøret fortsatte de følgende år. Den samtidige borgerkrig i England kunne have været til irernes fordel. Imidlertid skulle borgerkrigens udfald blive fatalt for Irland.

I England kæmpede kongen og parlamentet om magten. Den puritanske Oliver Cromwell stod i spidsen for parlamentets tropper. Kongen blev henrettet i 1649, og England blev republik.

I juni 1646 besejrede Owen Roe O'Neill en stor engelsk-skotsk styrke. Imidlertid blev støtten til O'Neill mindre. 'The Old English' havde hele tiden være tilbageholdende, fordi de havde for meget at miste. Teknisk set varede oprøret til Galway's overgivelse i 1652, men effektivt hørte det op, da Oliver Cromwell i august 1649 ankom til Dublin med et engelsk kavalleri på 3000 mand.

Cromwell tilbragte kun 9 måneder i Irland, men de kom til at sætte sig varige spor i landets historie. Cromwell gennemførte en systematisk generobring af Irland. Det første slag foregik ved Drogheda, hvor Cromwell med en hær på 12000 mand dræbte 2000 forsvarende soldater og 1000 civile. I Wexford, som ikke havde nogen garnision, dræbtes 2000 civile.

Cromwell gennemførte desuden politiske ændringer, bl.a. the Cromwellian Settlement Act, som åbnede for en ny bølge af protestantiske tilflyttere, og som fratog katolikker så godt som alle rettigheder. Det skønnes, at i 1653 havde massakrer, sult og udvandring reduceret den irske befolkning til omkring halvdelen.

Den 1. maj 1654 erklærede det engelske parlament, at al irsk jord øst for floden Shannon skulle fordeles mellem tilflyttere og tidligere beboere, som kunne bevise, at de ikke havde deltaget i oprøret. Alle irere skulle bo vest for Shannon, og det var forbundet med dødsstraf at slå sig ned øst for floden. I 1641 ejede katolikker 80 % af jorden vest for Shannon. I 1665 var det 20 % og i 1703 5 %.

Protestanterne vandt den afgørende sejr, da Vilhelm af Oranien besejrede den katolske Jakob II i slaget ved Boyne den 1. juli 1690. Det er denne sejr, som hvert år i juli fejres med store parader overalt i Ulster.

Resultatet af the plantation years 1606-97 blev en indvandring af ca. 200.000 skotter og ca. 10.000 englændere, en halvering af den irske befolkning og fuldstændig tilsidesættelse af den katolske religion.

Men protestanternes sejr var ikke total. Konflikten var kun lige begyndt.