Englænderne havde nu et solidt fodfæste i Irland bortset fra Ulster, hvor der ingen engelske støttepunkter fandtes. Det gav mulighed for kontakt med Hebriderne og Skotland, hvorfra irske rebeller modtog forsyninger. Tyrone var en stor gælisk stat under O'Neill klanen. Området vest for Tyrone blev kontrolleret af O'Donnell klanen. Spændingen voksede, og i 1597 skulle tre engelske styrker trænge frem og mødes ved Ballyshannon. Ingen af dem kom ret langt, før de blev slået af tre irske styrker under henholdsvis O'Donnell, O'Neill og Lacy. Året efter samledes kræfterne på begge sider til et stort slag ved Blackwater nær Portadown. 8.000 irere slog 4.000 engelske soldater med 300 heste. Dermed var respekten for O'Neill, jarlen af Tyrone, øget. Spanierne så en mulighed for at hævne nederlaget i 1588 og lovede støtte til irerne. Men i slaget ved Kinsale (Cork) den 24. december 1601 vandt 6.500 englændere over en irsk-spansk styrke på 9.000 mand og 500 heste. Nu var hele Irland under engelsk lov. Irerne blev totalt afvæbnet, og hele den gæliske verden fik en brat ende. De gæliske høvdinge blev tvunget til at underskrive en aftale, som udtrykte forsoning, men som også var en underkastelse. Denne tilstand var så uholdbar for de irske høvdinge i Ulster, at O'Neill, O'Donnell og 90 andre 1607 drog i eksil på kontinentet (the flight of the earls).

Charles I's statholder i Irland, Jarlen af Strafford, Thomas Wentworth, fik skabt ro i Irland, både i forhold til England og mellem de mange indbyrdes stridende høvdinge.

Irerne skulle betale for englændernes generobring af Irland. Det skete ved, at store arealer i Ulster blev stillet til rådighed for engelske og skotske tilflyttere. Perioden betegnes som The Plantation Years. Det medførte en økonomisk opblomstring, især af det før så forarmede Ulster. Alligevel lurede utilfredsheden og hadet mod undertrykkerne blandt irerne, og på den Hellige Ignatius' dag i 1641 brød oprøret atter løs. Mange englændere i Irland blev udsat for en bestialsk behandling, som vakte forfærdelse i England og rejste en modvilje mod monarkiet.

Her blev konflikten i Nordirland grundlagt:  The Plantation Years 1606-97