En katolsk kirke uden pave (1500-1588)

Henry VIII af England var overbevist katolik og erklæret modstander af Martin Luther. Imidlertid havde hans dronning ikke kunnet levere tronen en mandlig arving. Derfor anmodede han i 1527 paven om skilsmisse. Det ville paven ikke gå med til af hensyn til Habsburgerne. En af kongens rådgivere, Thomas Cromwell (ikke at forveksle med Oliver Cromwell), gav Henry den idé at bryde med paven. Reformationen var i gang på kontinentet, men Thomas Cromwell foreslog en model, hvor kongen skulle være kirkens overhoved. I 1534 brød Henry med Rom og overtog efterhånden kirkens ejendomme og rollen som den engelske og irske kirkes overhoved.

Henry VIII gjorde Thomas Cromwell til sin førsteminister. I forbindelse med reformationen blev der iværksat til omfattende program for at bringe Irland ind på den rette vej og gøre en ende på "biskoppen af Roms magtmisbrug". Jarlen af Kildare og hele hans familie blev fængslet. De engelske irere (the Englishry) måtte ikke gifte sig med irere eller opfostre irere, og de måtte ikke holde irske sangere og rimsmede. Irsk påklædning blev forbudt, og der skulle tales engelsk. Ubesatte lordships blev lagt ind under kronen, som derved væsentligt øgede sine irske besiddelser.

Disse foranstaltninger vakte ikke den store opsigt. Derimod stødte det religiøse program på modstand, også blandt anglo-irerne. De irske abbedier opløstes ved lov, og deres besiddelser blev lagt ind under kronen. Ved lov blev kongen erklæret for "den irske kirkes overhoved på jorden", dog først efter udstødelse af en række gejstlige parlamentsmedlemmer. Mange biskopper satte sig imod denne ændringer, men der var alligevel biskopper nok, der kunne sværge troskab til "en katolicisme uden pave". Dette medførte dog, at der skulle bedes og prædikes på engelsk i kirkerne.

Nedlæggelsen af abbedierne blev et alvorligt slag for irsk civilisation, fordi klostrene var centre for uddannelse, religion og gæstfrihed. Der fandtes ikke byer eller herregårde til videreførelse af disse funktioner. Befolkningen blev især rystet over afbrændingen af relikvier. Blandt de mest kostelige relikvier var "Baculum Jesu", som blev antaget for at være Jesu stav, og som blev St. Patricks bispestav. Den blev brændt offentligt i Dublin efter ærkebiskop Brownes ordre.

I 1535 overgav Silken Thomas af Kildare sig og blev anbragt i Londons Tower, hvor han blev henrettet i 1537. Dermed fik den engelske konge endelig bugt med huset Kildare.

Henry VIII efterfulgtes 1547 af sin 10-årige søn, Edward VI. Han døde 1553, hvorefter Henrys datter med Katarina af Aragonien, Marie (den blodige), overtog tronen. Hun var spansk, stærkt religiøs og katolsk. Hun blev gift med prins Filip af Spanien og fik genindført katoliscismen. Det var populært i Irland, men skaffede ikke abbedierne deres ejendomme tilbage.

1558 blev Henry VIII's datter med Anne Boleyn dronning som Elizabeth I. Hun indså, at den spanske indflydelse havde vakt stor modvilje i England. Hun ophævede alle Maries kirkelige ordninger og genoprettede kronens indflydelse på kirken. Dette blev også gældende i Irland. Dog måtte der igen bruges latin i kirkerne, men det irske sprog, gælisk, blev ikke tilladt, skønt det på det tidspunkt var det eneste, der kunne forstås af både irere og englændere.

I 1570 tabte pave Pius V endelig tålmodigheden med den engelske dronning. Hun blev lyst i band, og hendes undersåtter frigjort for pligten til at adlyde hende.

Spændingen mellem England og Spanien voksede og førte 1588 til afsendelsen af den uovervindelige armada mod England. Denne armada led et forsmædeligt nederlag i Kanalen og måtte flygte ud i Nordsøen. Armadaen var egentlig ikke en flåde af krigsskibe, men i højere grad transportfartøjer med soldater og våben. De skulle helst på land for at kunne udrette noget. De sejlede nord om Skotland, men løb ind i dårligt vejr og mange forlis. Der blev gjort forsøg på at lande hæren i Irland for at drage nytte af Irernes overvejende katolske sympatier. Var det lykkedes, var den spanske hær stor nok til, at det kunne have påvirket Irlands historie afgørende, men også her svigtede held og sømandskab spanierne. Mange skibe gik tabt i storm på irske kyster, og under halvdelen af skibene nåede hjem til Spanien.