Med krigens udbrud skiltes vejene. Nordirland var som en del af Det forenede Kongerige (UK) med i krigen, mens Éire erklærede sig neutralt. De Valeras regering fik vedtaget nødlove, som førte til, at perioden ofte kaldes "The Emergency".

Med en hær på 7.000 mand var Éire i praksis forsvarsløs og fuldstændigt afhængig af Storbritanniens væbnede styrker og økonomi. Éires neutralitet var langt fra perfekt, idet der blev ydet støtte til den britiske og allierede side. Det skete f.eks. ved assistance til brandslukning efter luftbombardement af Belfast i foråret 1941, ved overflyvningstilladelser og ved adgang for irere til at lade sig hverve til de britiske væbnede styrker. Det gjorde i alt 43.000 irske borgere.

I Belfast blev ca. halvdelen af byens huse ødelagt ved bombardementerne 15.-16. april og 4.-5. maj 1941. Nordirland var dårligt forberedt til krigen. Antallet af omkomne var henholdsvis 900 og 191.

Fabrikker i Nordirland gav et værdifuldt bidrag til den britiske krigsproduktion. Harland and Wolf byggede 3 hangarskibe og et stort antal korvetter til konvojbeskyttelse. Over 3000 skibe blev repareret i Belfast og Derry. Flyfabrikkerne Short og Harland byggede 1200 Stirling bombere og 125 Sunderland flyvebåde. Desuden produceredes granater og uniformer. Endelig var Nordirlands strategiske beliggenhed af stor betydning for slaget om Atlanten.

Da sejren var en realitet i maj 1945, var forbindelsen mellem Nordirland og Storbritannien styrket, mens Nordirland og Éire havde bevæget sig væk fra hinanden. Det gjorde det ikke bedre, at de Valera tilkaldte den tyske ambassadør for at udtrykke sin kondolence i anledning af Hitlers død.

I årene efter krigen knyttedes Nordirland stadig tættere til Storbritannien, mens Éire efterhånden fik brudt de sidste bånd. En ophævelse af Irlands deling blev samtidigt mere urealistisk.

I juli 1946 dannedes i Éire et nyt parti, Clann na Poblachta, under ledelse af den tidligere IRA stabschef, Sean MacBride. Dette så de Valera som en alvorlig trussel, som han håbede at kunne eliminere ved et valg i februar 1948. Det lykkedes ikke. Resultatet blev en koalitionsregering under John A. Costello med MacBride som udenrigsminister.

Under et besøg i Canada i september 1948 erklærede Costello overraskende, at han ville gøre Éire til en republik. Det fik fuld virkning i 1949, da Den irske Republik trådte ud af Commonwealth. For at undgå en formel alliance med Storbritannien blev Den irske Republik holdt uden for NATO, som blev oprettet samme år. Dette betød tab af sympati i både London og Washington.

I Nordirland gennemførtes samtidigt "step by step" reformer, som sikrede en social genopbygning med hensyn til national forsikring, sundhedsvæsen og boliger. Den britiske uddannelsesreform fra 1947 blev overført til Nordirland. I "The Ireland Act" fra juni 1949 blev det slået fast, at "Nordirland forbliver en del af Hans Majestæts Dominions og af Det forenede Kongerige og … at hverken Nordirland eller nogen del deraf på nogen måde kan ophøre med at være en del af Hans Majestæts Dominions og af Det forenede Kongerige uden tilslutning fra det nordirske parlament".