Den 21. februar 1999 blev 10 personer arresteret i den irske republik og i Nordirland, og den 24. februar 1999 blev den da 48 årige Colm Murphy fra Dundalk sigtet for ulovlig og ondsindet sammensværgelse. Se "Sigtelse i Omagh sag".

Nu er Colm Murphy blevet dømt for ved sammensværgelse at være årsag til bombesprængningen. Dommerne i Dublins særlige kriminalret fulgte anklagerens påstand om, at Murphy havde udlånt to mobiltelefoner til en kendt republikansk systemkritiker vel vidende, at de ville blive brugt til bombesprængningens gennemførelse. Dommen afsluttede en 25 dages proces i retten. Strafudmålingen følger senere.

Under sagen kritiserede dommer Barr to betjentes omskrivning af deres forhør af Murphy. Retten betegnede de to betjentes forfalskning som utilstedelig. Retten fastslog dog, at der var tilstrækkeligt materiale fra andre forhør til afgørelse af sagen.

Det irske råd for borgerlige rettigheder mener, at sagen har givet det irske politikorps (the Gardaí) alvorlige ridser i lakken.

I forbindelse med domsafsigelsen betegnede dommer Barr bombningen i Omagh som den alvorligste grusomhed i Nordirland siden 1969. Han kaldte Murphy for en uforbederlig republikansk terrorist og for en person, som med stor sandsynlighed måtte blive involveret i terroraktioner af den art, som han var anklaget for.